COVID-19 Data Analysis

Tasso di Positività

Calcolo del Tasso di Positività.

Max Pierini, Sandra Mazzoli, Alessio Pamovio

Pubblicazioni:

Il Tasso di Positività PP (dall'inglese Percent Positive) è calcolato come nuovi test positivi sul totale dei nuovi test effettuati, è quindi una percentuale che indica quanti, tra i test (tamponi) effettuati giornalmente, sono risultati positivi rispetto al totale dei soggetti testati. Può essere considerato come un indice della trasmissione delle malattie infettive ed è estesamente usato per stimarne l'incidenza (quantità di nuovi casi in un determinato lasso di tempo). Se è maggiore della soglia di allarme, indica anche che il numero di test effettuati non è sufficiente ad individuare tutti i nuovi casi giornalieri ed è quindi necessario sottoporre più persone ai test. La "soglia di allarme" per PP (area rossa nel grafico) di COVID-19 è stata stabilita al 5% . L'Organizzazione Mondiale della Sanità ha, per esempio, raccomandato di rilassare gli interventi non farmacologici (lockdown, distanziamento sociale, ecc) per COVID-19 solo dopo che il PP sia stato osservato al di sotto della soglia di allarme per almeno due settimane.

Come gruppo di studio e analisi dei dati COVID-19, abbiamo ritenuto opportuno aggiungere una "soglia di allerta" al 3% (area gialla nel grafico): se il PP aumenta al di sopra del 3% mostrando un andamento in crescita si può supporre un prossimo verosimile scenario di allarme.

Questi indici aiutano nel definire il quadro della situazione epidemiologica, la sua verosimile prossima evoluzione e influenzano le decisioni politiche, sociali ed economiche.

Ad esempio, un $R_t$ sopra 1 unito ad un PP maggiore del 5%, sono fortemente indicativi di una grave situazione che necessita al più presto di interventi politici, sociali e medici. Al contrario un $R_t$ minore di 1 e un PP al di sotto della soglia di allerta mostrano una situazione in via di risoluzione.

N.B. abbiamo scelto di calcolare il PP usando i nuovi casi testati (soggetti mai testati prima) anziché i nuovi tamponi totali, comprendendo i tamponi totali anche i test ripetuti (controllo e follow-up) su pazienti già risultati positivi in precedenza

I dati grezzi sono

  • filtrati con Hampel filter, finestra gaussiana di 7 giorni, $\sigma=2$ per isolare gli outliers dal trend
  • smussati con media mobile, finestra gaussiana di 14 giorni, $\sigma=5$ per evidenziare il trend

Italia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 21.648085 21.648085 20.551359
2021-03-27 17:00:00 21.474255 21.474255 20.488689
2021-03-26 17:00:00 21.594346 21.594346 20.518068
2021-03-25 17:00:00 20.219717 20.219717 20.503382
2021-03-24 17:00:00 18.459175 18.459175 20.451356
2021-03-23 17:00:00 18.389306 18.389306 20.367086
2021-03-22 17:00:00 6.994802 20.544788 20.357525

Regioni

Abruzzo

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 19.735877 19.735877 16.909414
2021-03-27 17:00:00 20.689655 20.689655 16.979857
2021-03-26 17:00:00 23.444976 23.444976 17.112185
2021-03-25 17:00:00 13.790036 13.790036 17.056856
2021-03-24 17:00:00 14.193270 14.193270 16.934811
2021-03-23 17:00:00 12.344058 12.344058 16.686431
2021-03-22 17:00:00 21.990741 10.701211 16.736124

Basilicata

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 24.584718 24.584718 21.340814
2021-03-27 17:00:00 19.444444 23.010381 21.352242
2021-03-26 17:00:00 21.568627 21.568627 20.955947
2021-03-25 17:00:00 18.563923 18.563923 20.639409
2021-03-24 17:00:00 19.965278 19.965278 20.322252
2021-03-23 17:00:00 20.934256 20.934256 20.318602
2021-03-22 17:00:00 11.111111 20.081301 20.072418

Calabria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 17.239755 12.688508 13.310410
2021-03-27 17:00:00 16.461439 12.767336 13.280004
2021-03-26 17:00:00 14.486639 14.486639 13.367488
2021-03-25 17:00:00 15.243902 15.243902 13.389389
2021-03-24 17:00:00 12.219618 12.219618 13.137985
2021-03-23 17:00:00 10.837607 10.837607 13.040610
2021-03-22 17:00:00 9.208973 12.864078 12.972344

Campania

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 14.833959 14.833959 14.326116
2021-03-27 17:00:00 14.332987 14.332987 14.436688
2021-03-26 17:00:00 14.734373 14.734373 14.372763
2021-03-25 17:00:00 14.241443 14.241443 14.346189
2021-03-24 17:00:00 12.158145 12.158145 14.593519
2021-03-23 17:00:00 15.001611 15.001611 14.816121
2021-03-22 17:00:00 36.799327 14.878455 14.872571

Emilia-Romagna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 51.768411 51.768411 46.911637
2021-03-27 17:00:00 47.211819 47.211819 46.577008
2021-03-26 17:00:00 50.474984 50.474984 46.977528
2021-03-25 17:00:00 41.582965 41.582965 46.554563
2021-03-24 17:00:00 35.545024 35.545024 45.753097
2021-03-23 17:00:00 42.706360 42.706360 45.535492
2021-03-22 17:00:00 68.699319 68.699319 46.120051

Friuli Venezia Giulia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 17.260062 17.260062 18.909370
2021-03-27 17:00:00 17.948718 17.948718 19.020934
2021-03-26 17:00:00 22.390671 22.390671 19.166814
2021-03-25 17:00:00 22.905332 22.905332 19.475218
2021-03-24 17:00:00 18.207885 18.207885 19.629619
2021-03-23 17:00:00 18.079842 18.079842 19.831359
2021-03-22 17:00:00 29.347826 11.398818 20.078443

Lazio

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 10.944206 10.944206 8.908676
2021-03-27 17:00:00 9.370507 9.370507 8.808107
2021-03-26 17:00:00 9.362457 9.362457 8.833652
2021-03-25 17:00:00 9.543048 9.543048 8.797199
2021-03-24 17:00:00 8.152848 8.152848 8.713601
2021-03-23 17:00:00 8.670117 7.112871 8.605796
2021-03-22 17:00:00 16.458065 6.817191 8.505294

Liguria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 20.459290 14.567075 16.004176
2021-03-27 17:00:00 19.578090 19.578090 15.914130
2021-03-26 17:00:00 17.838828 17.838828 15.760135
2021-03-25 17:00:00 16.233980 18.135095 15.423349
2021-03-24 17:00:00 15.671642 15.671642 15.076161
2021-03-23 17:00:00 13.215859 13.215859 14.801697
2021-03-22 17:00:00 21.319797 10.836712 14.381762

Lombardia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 33.051643 33.051643 34.300757
2021-03-27 17:00:00 36.180458 36.180458 34.038809
2021-03-26 17:00:00 36.493675 36.493675 33.758636
2021-03-25 17:00:00 35.668340 35.668340 33.571367
2021-03-24 17:00:00 32.714493 32.714493 33.399994
2021-03-23 17:00:00 31.894589 31.894589 33.403746
2021-03-22 17:00:00 31.315085 32.992327 33.239263

Marche

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 19.858435 19.858435 19.439528
2021-03-27 17:00:00 22.650376 22.650376 19.483649
2021-03-26 17:00:00 22.579564 22.579564 19.624786
2021-03-25 17:00:00 19.639469 19.639469 19.791001
2021-03-24 17:00:00 19.446154 19.446154 20.053698
2021-03-23 17:00:00 15.237020 15.237020 19.957911
2021-03-22 17:00:00 31.812725 8.341202 20.175855

Molise

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 8.433735 3.285871 4.905393
2021-03-27 17:00:00 11.191336 4.889590 5.177722
2021-03-26 17:00:00 7.181572 7.181572 5.389478
2021-03-25 17:00:00 3.312303 3.312303 5.888450
2021-03-24 17:00:00 4.809287 4.809287 6.205446
2021-03-23 17:00:00 6.413302 6.413302 6.348658
2021-03-22 17:00:00 9.729730 3.079555 6.377238

P.A. Bolzano

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 7.596154 7.596154 9.095465
2021-03-27 17:00:00 5.892857 5.892857 9.684695
2021-03-26 17:00:00 10.691824 10.691824 10.416908
2021-03-25 17:00:00 8.493490 8.493490 11.397971
2021-03-24 17:00:00 9.660107 9.660107 12.536562
2021-03-23 17:00:00 7.884923 7.884923 14.060887
2021-03-22 17:00:00 0.024095 19.033886 15.836545

P.A. Trento

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 42.187500 42.187500 52.246727
2021-03-27 17:00:00 54.020101 54.020101 53.255881
2021-03-26 17:00:00 55.737705 55.737705 53.673436
2021-03-25 17:00:00 67.816092 67.816092 54.621470
2021-03-24 17:00:00 63.900415 63.900415 55.833003
2021-03-23 17:00:00 46.246973 46.246973 55.609676
2021-03-22 17:00:00 25.559105 25.559105 56.497344

Piemonte

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 26.090632 26.090632 24.983640
2021-03-27 17:00:00 26.439318 26.439318 24.715002
2021-03-26 17:00:00 26.436064 26.436064 24.286257
2021-03-25 17:00:00 24.333239 24.333239 24.172107
2021-03-24 17:00:00 28.930245 28.930245 24.007551
2021-03-23 17:00:00 22.296066 22.296066 23.640704
2021-03-22 17:00:00 31.694103 16.429922 23.243250

Puglia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 88.209176 88.209176 40.350418
2021-03-27 17:00:00 41.607957 41.607957 39.557890
2021-03-26 17:00:00 39.452555 39.452555 38.277262
2021-03-25 17:00:00 39.901865 39.901865 37.817073
2021-03-24 17:00:00 29.163823 29.163823 36.491818
2021-03-23 17:00:00 21.181263 30.729455 35.443854
2021-03-22 17:00:00 39.867737 33.179332 34.491608

Sardegna

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 9.575185 7.665656 7.697981
2021-03-27 17:00:00 12.424242 7.619048 7.459422
2021-03-26 17:00:00 8.356808 8.356808 7.327093
2021-03-25 17:00:00 7.104377 9.142114 7.234148
2021-03-24 17:00:00 6.137184 6.137184 7.038436
2021-03-23 17:00:00 7.542694 7.542694 6.776999
2021-03-22 17:00:00 12.096168 7.136525 6.511510

Sicilia

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 16.229564 16.229564 14.572622
2021-03-27 17:00:00 15.589420 15.589420 14.426077
2021-03-26 17:00:00 13.397417 15.407203 14.334316
2021-03-25 17:00:00 13.695486 15.247019 14.196875
2021-03-24 17:00:00 12.807634 12.807634 14.068554
2021-03-23 17:00:00 13.441919 13.441919 13.929075
2021-03-22 17:00:00 14.942787 11.513528 13.761317

Toscana

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 14.106001 14.106001 13.169958
2021-03-27 17:00:00 13.498344 13.498344 13.140229
2021-03-26 17:00:00 13.882124 13.882124 13.044579
2021-03-25 17:00:00 14.278160 14.278160 12.905499
2021-03-24 17:00:00 11.453449 11.453449 12.814394
2021-03-23 17:00:00 12.014934 12.014934 12.768984
2021-03-22 17:00:00 17.319964 11.044371 12.671812

Umbria

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 25.431711 25.431711 19.674850
2021-03-27 17:00:00 27.106227 27.106227 19.893917
2021-03-26 17:00:00 26.644463 14.820983 19.755458
2021-03-25 17:00:00 22.554890 22.554890 19.686898
2021-03-24 17:00:00 22.681452 22.681452 19.670340
2021-03-23 17:00:00 14.910026 14.910026 19.558955
2021-03-22 17:00:00 52.205882 8.658537 19.046673

Valle d'Aosta

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 27.304965 27.304965 18.838417
2021-03-27 17:00:00 43.103448 21.034483 18.475694
2021-03-26 17:00:00 18.095238 18.095238 18.568987
2021-03-25 17:00:00 20.748299 20.748299 18.386533
2021-03-24 17:00:00 21.472393 21.472393 18.308547
2021-03-23 17:00:00 7.425743 7.425743 17.799637
2021-03-22 17:00:00 39.694656 17.962003 18.029260

Veneto

PP grezzo PP filtrato PP smussato
data
2021-03-28 17:00:00 34.675228 34.675228 31.514920
2021-03-27 17:00:00 31.512003 31.512003 31.025518
2021-03-26 17:00:00 30.745524 30.745524 31.578688
2021-03-25 17:00:00 27.203625 27.203625 31.469072
2021-03-24 17:00:00 29.381295 29.381295 31.731598
2021-03-23 17:00:00 33.452442 33.452442 31.652465
2021-03-22 17:00:00 22.546541 43.231441 32.180645

SOMMARIO

Ultimo PP

PP grezzo PP filtrato PP smussato
regione
Abruzzo 19.735877 19.735877 16.909414
Basilicata 24.584718 24.584718 21.340814
Calabria 17.239755 12.688508 13.310410
Campania 14.833959 14.833959 14.326116
Emilia-Romagna 51.768411 51.768411 46.911637
Friuli Venezia Giulia 17.260062 17.260062 18.909370
Lazio 10.944206 10.944206 8.908676
Liguria 20.459290 14.567075 16.004176
Lombardia 33.051643 33.051643 34.300757
Marche 19.858435 19.858435 19.439528
Molise 8.433735 3.285871 4.905393
P.A. Bolzano 7.596154 7.596154 9.095465
P.A. Trento 42.187500 42.187500 52.246727
Piemonte 26.090632 26.090632 24.983640
Puglia 88.209176 88.209176 40.350418
Sardegna 9.575185 7.665656 7.697981
Sicilia 16.229564 16.229564 14.572622
Toscana 14.106001 14.106001 13.169958
Umbria 25.431711 25.431711 19.674850
Valle d'Aosta 27.304965 27.304965 18.838417
Veneto 34.675228 34.675228 31.514920

© 2020 Max Pierini. Thanks to Sandra Mazzoli & Alessio Pamovio

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